В августе 1996 года было принято Постановление Правительства Российской Федерации о создании на базе Института повышения квалификации прокурорско-следственных работников прокуратуры Российской Федерации Санкт-Петербургского юридического института Генеральной прокуратуры Российской Федерации со статусом вуза. Институт интенсивно развивался, росли масштабы его деятельности, совершенствовалось качество образовательного процесса. В 2007 году Институт вступил в новый этап своей жизни. В соответствии с приказом Генерального прокурора Российской Федерации от 25 апреля 2007 года Институт вошел в качестве филиала в состав Академии Генеральной прокуратуры Российской Федерации.

В соответствии с приказом Генерального прокурора Российской Федерации от 16 марта 2018 г. № 146 «О внесении изменений в приказ Генерального прокурора Российской Федерации от 6 марта 2018 г. № 123 «О переименовании федерального государственного казенного образовательного учреждения высшего образования «Академия Генеральной прокуратуры Российской Федерации» и филиалов в федеральное государственное казенное образовательное учреждение высшего образования «Университет Генеральной прокуратуры Российской Федерации» Академия Генеральной прокуратуры Российской Федерации переименована в Университет прокуратуры Российской Федерации.