Первоначально преподавание сельскохозяйственных наук происходило в рамках сельскохозяйственного факультета Пермского государственного университета. Этот факультет был образован 1 июля 1918 года. В 1922 году факультет был переименован в агрономический.

В 1930 году факультет был преобразован в самостоятельный вуз — Уральский сельскохозяйственный институт. Первым его директором стал Ф. А. Бынов.

С 1933 года стал называться Пермский сельскохозяйственный институт, от которого был открыт рабфак в г. Ирбите 

В 1940 году Молотовский сельскохозяйственный институт подчинялся Наркомзему СССР и находился по почтовому адресу: г. Молотов, Коммунистическая улица, д. № 23).

В 1948 году институту было присвоено имя учёного-агрохимика академика Д. Н. Прянишникова - Молотовский сельскохозяйственный институт имени академика Д.Н. Прянишникова

С 1957 - Пермский сельскохозяйственный институт имени академика Д.Н. Прянишникова

Статус академии получен вузом в 1995 году и переименован в Пермскую государственную сельскохозяйственную академию имени академика Д.Н. Прянишникова.

Статус университета получен вузом в 2017 году - Пермский государственный аграрно-технологический университет имени академика Д.Н. Прянишникова